Tháng 1 năm 1961, Vàng Pao được tướng Phoumi giao chức vụ Tư lệnh Quân khu II ở bắc Lào. Không lâu sau, Vàng Pao được phong tướng. Việc này nằm trong dự tính của CIA nhằm đưa Vàng Pao trở thành chỉ huy một đạo quân bí mật thay cho những toán dân binh cũ đủ sức đương đầu với quân đội Pathet Lào đang lớn mạnh dần lên, nhằm chuẩn bị cho một cuộc chiến tranh đặc biệt kéo dài. Năm 1962, CIA bắt đầu thiết lập bộ chỉ huy của Thiếu tướng Vang Pao trong thung lũng Long Chẹng. Với lực lượng đặc biệt này, CIA còn hy vọng sẽ có thêm một lá bài dự trữ để "phòng thủ" trước sự thâm nhập của Quân đội nhân dân Việt Nam vào chi viện cho miền Nam theo đường mòn Hồ Chí Minh trải dài theo dãy Trường Sơn mới được thiết lập hơn một năm trước đó. Đồng thời, có thể sử dụng lực lượng này từ các căn cứ tại Lào, xâm nhập, phá hoại và quấy rối miền Bắc Việt Nam. Do đó, William Young, một điệp viên CIA kỳ cựu, đã được cử đến Padoung, cùng với các đơn vị biệt kích Mũ nồi xanh của Mỹ và những toán biệt kích của Cảnh sát Thái Lan do CIA tài trợ đã được gửi tới Quân khu II để tuyển mộ và huấn luyện đội quân đặc biệt. Các chuyến bay của Air America do CIA điều phối cũng được tăng cường để chở vũ khí, hàng tiếp tế cho "Đội quân bí mật" này.

Đến cuối năm 1961, quân số của đạo quân bí mật đã lên đến 9.000 người. Ảnh hưởng của Vàng Pao đã trải ra trên một vùng rộng lớn của quân khu II, từ núi Padoung ở phía Nam đến núi Phou Pha cho tới Boum Long về phía Đông Cánh Đồng Chum. Quân số sẽ còn tăng vọt lên 20.000 rồi 30.000 người vào những năm sau đó. Dưới sự đào tạo và hỗ trợ của CIA, Vàng Pao đã chỉ huy lực lượng này hoạt động một cách rất hiệu quả để chống lại Pathet Lào và Quân đội Nhân dân Việt Nam tại vùng Thượng Lào.